Kivikirkon paikalla on ollut aikaisemmin puukirkko. Ehkäpä jonkinlainen oli pyhäkkö jo ennen kuin kristinusko tuli Suomeen.
Kristinusko tuli Kirkkonummelle todennäköisesti ruotsinkielisten kristittyjen ja virolaisten munkkien mukana.
Vuonna 1572 venäläiset sotajoukot ryöstivät kirkon ja heti seuraavana vuonna salama sytytti sen tuleen.
Huonokuntoista kuoria levennettiin 1600-luvulla. Laajennuksesta on muistona papinovi kirkon eteläseinällä. Tästä ovesta pappi kulki. Nykyisin papinovio muurattu umpeen.
1700-luvun alussa oli suuri Pohjan Sota. Suomalaisia vainottiin ankarasti. Moni joutui pakenemaan maasta henkensä edestä.
Piispa Jagob Tengström oli 1800-luvun alussa sitä mieltä, että kirkon kuoriosaa ”pilaavat kaikenlaiset vanhat, haalistuneet ja mauttomat koristeet”.
Tämän eli vuokrakauden aikana 1944-56 Pyhän Mikaelin kirkko toimi venäläisten kulttuuritalona.