Pyhän Mikaelin kirkkoon rakennettiin 1500-luvulla kivestä kuori. Kuorissa oli alttarin paikka. Siellä pappi toimitti messua.
Samalla rakennettiin ja vähän myöhemmin myös asehuone.
Kuningas johtaman uskonpuhdistuksessa 1500-luvulla kirkko menetti valta-asemansa ja kirkollisia kalleuksia takavarikoitiin paljon. Keski-aika vaihtui uuteen aikaan. Suomen kirkko muuttui katolisesta luterilaiseksi.
Tulipalojen, ryöstöjen ja monien muutostöiden takia kirkossa ei ole enää jäljellä ainuttakaan alkuperäistä keskiaikaista esinettä.
Kirkkonummen kirkon keskiaikaista vihkivesiastiaa säilytetään .